Por su destacada trayectoria en el ámbito de la justicia y reconocimiento a nivel internacional, a finales de 2003, el ex Presidente Néstor Kirchner la convocó para ofrecerle el cargo de Ministra de la Corte Suprema de Justicia. De esta manera, se convirtió en la primera mujer propuesta por un gobierno democrático para integrar el máximo tribunal de Argentina.

Durante la reunión, Carmen Argibay dejó en claro dos puntos fundamentales. En primer lugar, manifestó que si la intención era establecer una Corte que sirviera a los intereses del Poder Ejecutivo, ella no era la candidata adecuada. En segundo lugar, señaló que antes de asumir como Ministra, necesitaba concluir su función como Jueza en el Tribunal Penal Internacional para la Antigua Yugoslavia, pues a eso se había comprometido representando a su país. 

El mensaje y las prioridades de Carmen fueron claras: primero estaba su país, por sobre cualquier especulación o ambición personal. 

Durante el proceso de selección, las principales resistencias provenían de su carácter de “atea militante” -expresión que utilizó para decir con cierta ironía que no adhería a ninguna religión en particular y no para conmover a otros para que abandonaran su fe como intentaron afirmar sus oponentes.   

Además, se cuestionó su respaldo al derecho de las mujeres a decidir sobre su propio cuerpo. Juró el 3 de febrero de 2005. 

No pueden analizarse sus fallos sin mirar el contexto en el que ejerció su función. Durante la presidencia de Carlos Menem, varios de los ministros de la Corte comenzaron a ser criticados por favorecer al gobierno.  Esta situación persistió durante la presidencia de Fernando de la Rúa. Estos años estuvieron marcados por una profunda crisis económica e institucional en Argentina, que dio lugar al famoso reclamo popular “que se vayan todos”.

La necesidad de abordar el escepticismo hacia el sistema de justicia, así como establecer coherencia y previsibilidad en las decisiones, llevó a Carmen a ser conservadora en términos constitucionales. Así, desechó la doctrina de la arbitrariedad, lo que implicaba ajustarse a las causas de admisibilidad estrictamente previstas por la ley. 

Sus votos se caracterizaron por su brevedad, claridad y enfoque preciso en los agravios planteados, respetando los procesos de intervención previa de las provincias y las distintas instancias. 

Enfatizó la independencia de funciones del poder gubernamental y el papel crucial de la justicia en proteger los valores democráticos.

El más claro ejemplo de su independencia, imparcialidad y honestidad intelectual fue al decidir en el caso sobre la inconstitucionalidad del indulto a Riveros, uno de los represores de la dictadura, de la que ella también fue víctima. En su voto afirmó que, aunque personalmente no estuviera de acuerdo con las consecuencias de lo decidido, el principio de la cosa juzgada debía prevalecer en defensa del Estado de Derecho basado en la Constitución Nacional.

Su postura restrictiva en términos constitucionales, hizo que no tuviera una gran producción de fallos en materia de género. Como se verá ella canalizó ese aporte fundamentalmente a través de la Oficina de la Mujer, desde donde permeó la estructura del Poder Judicial.

Logró un avance en dos áreas específicas: garantizando el derecho al aborto seguro, legal y gratuito mediante el fallo “F.A.L.” y combatiendo la violencia contra las mujeres en todas sus manifestaciones. En este último caso, destacó la importancia de llegar a decisiones que determinen los hechos y responsabilidades en casos de violencia de género, en el caso “Góngora” y desestimó interpretaciones inconstitucionales que sugerían que la permanencia de una mujer víctima de violencia doméstica en su hogar implicaba su consentimiento implícito a posibles agresiones ilegítimas en el caso “Leiva”.