En junio de 2001, Carmen Argibay fue elegida para formar parte del Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia, una corte establecida por las Naciones Unidas para juzgar los crímenes de guerra cometidos durante los conflictos en los Balcanes en la década de los 90. En una ocasión, Argibay ordenó la suspensión de una audiencia. Cuando sus colegas le preguntaron la razón, ella les explicó que la traductora estaba visiblemente conmovida y llorando debido al impacto de la declaración que estaba traduciendo.
Durante la Guerra de Bosnia, se perpetraron agresiones sexuales sistemáticas, en particular violaciones contra mujeres a manos de soldados serbios. La perspectiva de Carmen Argibay fue esencial para sostener que estas atrocidades formaban parte de una estrategia de limpieza étnica de las poblaciones no serbias. Argibay afirmó que estos ataques sexuales habían sido utilizados como armas de guerra en el conflicto, subrayando la necesidad de justicia y reconocimiento para las víctimas.
